La creación de Belgrano Cargas y Logística es consecuencia de un decreto de 2008 que dispuso la terminación de la concesión que desde fines de la década de 1990 tenía la empresa Belgrano Cargas Sociedad Anónima sobre el Ferrocarril General Belgrano. La anterior, a su vez, entregó en 2006 el gerenciamiento a la Sociedad Operadora de Emergencia SA (SOESA), contrato cuya terminación dispuso el Ministerio del Interior y Transporte en febrero de 2013. Además de las instalaciones y el material rodante en poder de la anterior concesionaria, la nueva empresa se hizo cargo del personal antes empleado por Ferrocarril General Belgrano Sociedad Anónima —una empresa residual resultante de la privatización deFerrocarriles Argentinos— y de los Talleres Ferroviarios de Tafí Viejo que administraba esta última.

En una conferencia de prensa, el ministro del Interior y Transporte Florencio Randazzo justificó la reestatización debido a la ineficiencia de los operadores privados y la necesidad de impulsar el desarrollo del transporte ferroviario: «Estamos convencidos de que las concesiones fueron un fracaso y no acompañan el proceso de crecimiento que necesita Argentina, sobre todo en materia logística para bajar costos y los productos nacionales sean más competitivos

[…]«.

A comienzos de junio de 2013, el Estado argentino rescindió los contratos de concesión con la empresa brasileña América Latina Logística (ALL), recuperando para sí la administración de la totalidad de los Ferrocarril General Urquiza y General San Martín con exclusión de la zona urbana del Gran Buenos Aires, así como un pequeño sector del Ferrocarril Sarmiento que también formaba parte de la concesión de ALL. motivada por los graves incumplimientos de la empresa concesionaria, que según la Auditoría General de la Nación «era la empresa que peor cuida el mantenimiento y las condiciones de seguridad y cuenta con escaso personal idóneo abocado a las tareas«.

La gestión integral de los mismos fue también encomendada a Belgrano Cargas y Logística, que es una sociedad anónima, cuyos principales accionistas son ADIF, SOFSE y AGP, todas sociedades del Estado.

Las tres lineas que tiene a cargo la empresa manejan 9344 km de vías que recorren 17 provincias, 88 locomotoras y 4650 vagones. De esa infraestructura gran parte, tras el fin de la concesión privada, estaba en mal estado y requería una inversión urgente.

En lo que hace a la infraestructura, desde mayo de 2013 se hicieron 400 kilómetros nuevos de vías y se repararon cerca de 400 vagones, con financiamiento aportado por el gobierno de Cristina Fernández de Kirchner. En 2015 se están sumando 3500 vagones nuevos y sumar 100 locomotoras, con lo que se duplicará el parque de la firma.